Die Serie Ghost in the Shell: Stand Alone Complex umfasst 26 Epiosden. Die Episoden lassen sich in zwei Gruppen einteilen: Stand-Alone-Episoden und Complex-Episoden. Stand-Alone-Episoden sind dabei eigenständige abgeschlossene Geschichten, welche die Haupthandlung nicht tangieren. Die Complex-Episoden hingegen behandeln die Geschichte um den Fall des lachenden Mannes - ein Handlungsstrang, der die gesamte Serie durchzieht.
Episoden[]
→ Hauptartikel: Ghost in the Shell: Stand Alone Complex
| # | Bild | Episoden Titel | Episoden-Typ | deutsche Erstausstrahlung | japanische Erstausstrahlung |
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| 1 | 
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Sektion 9 | Stand Alone | 7. Mai 2006 | 1. Oktober 2002 |
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Beweis der Raserei | Stand Alone | 7. Mai 2006 | 8. Oktober 2002 |
| 3 | 
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Ein bescheidener Aufstand — Android and I | Stand Alone | 14. Mai 2006 | 15. Oktober 2002 |
| 4 | 
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Das visuelle Bauteil lacht | Complex | 14. Mai 2006 | 22. Oktober 2002 |
| 5 | 
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Der Lockvogel singt | Complex | 21. Mai 2006 | 29. Oktober 2002 |
| 6 | 
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Die Nachahmer tanzen | Complex | 21. Mai 2006 | 5. November 2002 |
| 7 | 
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Götzenverehrung | Stand Alone | 28. Mai 2006 | 12. November 2002 |
| 8 | 
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Gesegnete Menschen | Stand Alone | 28. Mai 2006 | 19. November 2002 |
| 9 | 
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Der Mann im Dunkeln des Netzes | Complex | 4. Juni 2006 | 26. November 2002 |
| 10 | 
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Ein Tag wie geschaffen für einen Dschungeltrip | Stand Alone | 4. Juni 2006 | 3. Dezember 2002 |
| 11 | 
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Im Wald der Larven | Stand Alone | 11. Juni 2006 | 10. Dezember 2002 |
| 12 | 
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Ein Tachikoma reißt aus - Der Traum des Regisseurs | Stand Alone | 11. Juni 2006 | 17. Dezember 2002 |
| 13 | 
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Maschinen-Terroristen | Stand Alone | 18. Juni 2006 | 24. Dezember 2002 |
| 14 | 
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Vollautomatischer Kapitalismus ¥E$ | Stand Alone | 18. Juni 2006 | 31. Dezember 2002 |
| 15 | 
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Die Zeit der Maschinen | Stand Alone | 25. Juni 2006 | 07. Januar 2003 |
| 16 | 
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Schwachstelle im Herzen | Stand Alone | 25. Juni 2006 | 14. Januar 2003 |
| 17 | 
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Die Wahrheit über eine unvollendete Romanze | Stand Alone | 2. Juli 2006 | 21. Januar 2003 |
| 18 | 
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Ein Attentat im Duett | Stand Alone | 2. Juli 2006 | 28. Januar 2003 |
| 19 | 
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Gefangen im Tarnnetz | Stand Alone | 9. Juli 2006 | 4. Februar 2003 |
| 20 | 
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Beseitigte Medizin | Complex | 9. Juli 2006 | 11. Februar 2003 |
| 21 | 
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Hinterlassene Spuren | Complex | 16. Juli 2006 | 18. Februar 2003 |
| 22 | 
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Korruption | Complex | 16. Juli 2006 | 18. Februar 2003 |
| 23 | 
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Gut und Böse: Tagundnachtgleiche | Complex | 23. Juli 2006 | 4. März 2003 |
| 24 | 
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Einsame Burg, untergehende Sonne | Complex | 23. Juli 2006 | 11. März 2003 |
| 25 | 
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Kugelhagel | Complex | 30. Juli 2006 | 18. März 2003 |
| 26 | 
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Öffentliche Sicherheit Sektion 9, zum Zweiten | Complex | 30. Juli 2006 | 25. März 2003 |