Der Puppetmaster wird in Sektion 9 verhört
Der Puppetmaster ist ein Antagonist, der namentlich in der grundlegenden Handlung des ersten Manga, dem ersten Kinofilm und im Fernsehfilm Solid State Society auftritt. In allen Geschichten handelt es sich um einen Ghost oder einer Lebensform, die im Netzwerk lebt. Ob es sich um eine oder um ein zufällig entstandenes Bewusstsein handelt, wird nicht eindeutig geklärt.
Auch wenn sich die Umstände im Manga, dem Kinofilm und dem Fernsehfilm unterscheiden, so geht Major Motoko Kusanagi am Ende immer eine Verbindung ein, die sich im Resultat ebenfalls unterschiedlich auswirkt. Im Manga wird sich Major Kusanagi und der Puppetmaster sich verschmelzen und sie werden eine neue Entität mit der Hilfe von Batou. Im Kinofilm verschmilzt er sich mit Major Kusanagi und es entsteht eine neue Lebensform im Cyberspace. Als sie sich im Fernsehfilm verbanden, wird Major Kusanagi eine reifere Persönlichkeit, die bemerkt, wie das Cyberspace sich mehr und mehr auf eine Weise ändert, die sich niemand vorstellen kann.
Er selbst sagt im Manga und im ersten Kinofilm, seine Bezeichnung sei "Projekt 2501".